V JTS pracují zaměstnanci z obou států zapojených do Programu, tj. z České republiky a z Polska, v souladu se zásadou rovného zacházení a partnerství. V JTS se používají oba jazyky členských států Programu.
JTS napomáhá Řídícímu orgánu, Monitorovacímu výboru (včetně představitelů Národního orgánu) a Auditnímu orgánu v oblasti vykonávání jejich činnosti v rámci Programu.
Mezi hlavní činnosti JTS patří:
- poskytování konzultací žadatelům,
- úkony v rámci projektového cyklu jednotlivých projektů (zejména příjem a registrace projektových žádostí a jejich zanesení do monitorovacího systému),
- poskytování informací o Programu (včetně veškerých informací nutných pro zabezpečení kontroly prvního stupně a koordinace programu na obou stranách hranice),
- zodpovědnost za kontrolu a hodnocení projektů,
- podpora MV včetně přípravy a konání jeho zasedání, příprava podkladů před jeho zasedáními, včetně přípravy projektových listů a vypracování zápisů z jednání,
- spolupráce na vypracování zpráv o implementaci Programu (včetně zprávy pro Evropskou Komisi),
- propagace Programu,
- příprava a vedení základní společné informační databáze,
- další podpora orgánům Programu pro řádné provádění Programu.
